Клуб основан 12 февраля 2002 года. Дебют в Первенстве России состоялся 28 апреля 2002 года в Перми в игре против местного "Динамо". Этот матч наша команда выиграла со счетом 2:1. До августа 2003 года команда называлась "Строитель". Первый матч на Кубок России "Нефтяник" провел в Челябинске 24 апреля 2002 года с челябинским "Зенитом" и уступил 0:1. Это был первый официальный матч возрожденной уфимской команды. "Нефтяник" участник трех последних Первенств во втором дивизионе, зоны "Урал-Поволжье".